Sie können verschiedene Ursachen haben. Bestimmte Bakterien, die im Mund leben, können Aphthen verursachen, insbesondere dann, wenn eine kleine Verletzung des Gewebes vorliegt (die beim Zähneputzen entstanden ist, oder, weil man sich versehentlich in die Backe gebissen hat).

Eine Aphthe (sprich: Afte) ist eine schmerzhaft entzündete Stelle der Schleimhaut des Zahnfleischs, der Mundhöhle oder der Zunge und in Einzelfällen auch anderer Schleimhäute, z.B. im Genitalbereich. Beim gleichzeitigen Auftreten mehrerer solcher Stellen spricht man vom Krankheitsbild der Stomatitis aphthosa. Treten Aphthen häufig wiederkehrend auf, spricht man von chronisch rezidivierender Aphthose.

Aphthen können extrem schmerzhaft sein und sind nicht mit einfachen Verletzungen im Mund zu verwechseln. Menschen mit stärkerem Befall sind oft stark in der täglichen Lebensführung beeinträchtigt, und können teilweise nur unter Schmerzen sprechen oder essen. Teilweise ist sogar das Schlucken von Wasser oder Speichel schmerzhaft.

Die genauen Ursachen sind noch ungeklärt. Als mögliche Auslöser werden verschiedene Faktoren diskutiert:

• Stress, Schlafmangel, Krankheit
• Kleinere Verletzungen der Mundschleimhaut (oft erst in Kombination mit Nahrungsmittelallergien)
• allgemein schlechte Immunsituation des Körpers, z.B. vor oder während grippalen Infekten.
• Autoimmunreaktion des Körpers (z.B. Rheuma)
• Fehlregulation der Blutgefäße durch die Nerven
• Nahrungsmittelallergien oder Nahrungsmittelunverträglichkeiten, insbesondere gegen Zitrusfrüchte und/oder glutenhaltige Lebensmittel
• Herpesviren
• Vitamin- (B12) bzw. Eisen- oder Folsäuremangel
• Darmpilz oder ähnliche Darmbelastungen
• Inhaltsstoffe von Zahnpasten: Natriumlaurylsulfat (Sodium Lauryl Sulfate, SLS), dessen ethoxylierte Form Natriumdodecylpoly(oxoethylen)sulfat (Sodium Laureth Sulfate, SLES) oder Triclosan
• Synthetische Farbstoffe in Nahrungsmitteln und auch Medikamenten.
• Gewisse Medikamente können als Nebenwirkung Aphthen verursachen
• in seltenen Fällen Krankheiten wie Morbus Bechterew oder Morbus Crohn

Momentan wird eine Autoimmunreaktion des Körpers als wahrscheinlichste Ursache angesehen. Vor 1–2 Jahren waren es noch die Herpes-Viren, welche als hauptsächlicher Auslöser gehandelt wurden. Ergänzend wird auch ein Zusammenhang mit Darmpilzen vermutet.

Einige Viruserkrankungen bei Tieren gehen ebenfalls mit Aphthenbildung einher: Maul- und Klauenseuche, Vesikuläre Schweinekrankheit, Stomatitis vesicularis.

Aphthen können auch durch Nahrungsmittelallergien ausgelöst werden. Durch eine Eliminationsdiät oder durch kinesiologische Austestung kann das verantwortliche Nahrungsmittel ermittelt werden, damit man es fortan meiden kann. Stark säurehaltige Nahrungsmittel (z.B. Tomaten, Nüsse und Zitrusfrüchte) können bei anfälligen Menschen Aphthen verursachen. Auch Stress kann ein Auslöser sein.

Vitamin A (als Betacarotin)   Hält das Gewebe im Mund gesund. 

Vitamin-B-Komplex   B-Vitamine halten die Gewebe im Mund gesund und stark.

Zink   Wirksame Behandlung, besonders bei Menschen mit leichtem Zinkmangel. Man kann auch eine Nahrungsergänzung in der Kombination von Vitamin C und Zink anwenden.

Gesunde Darmflora   Kann die Häufigkeit und den Schwergrad vermindern. Es hat sich als wirksam erwiesen, eine Kapsel mit Darmflora zu öffnen und den Kapselinhalt vor dem Schlucken möglichst lange im Mund zu behalten.

Lactobacillus acidophilus, als Supplement mit lebendigen Kulturen verabreicht, kann die Häufigkeit und den Schweregrad von Aphthen vermindern. Spülen Sie mit flüssigen Acidophilus-Supplementen oder lösen Sie eine Tablette in Milch auf und spülen Sie mit dieser Zubereitung drei- bis viermal täglich gründlich den Mund. Menschen mit Aphthen können sich auch Abhilfe schaffen, indem sie Joghurt essen, das Bakterien enthält, die Lactobacillus acidophilus ähneln - beim Essen sollte das Joghurt im Mund "umhergespült" werden.